超解像イメージングは、回折限界を超えて解像度を向上させることができますが、それぞれの技術に独自の制限やトレードオフがあります。そのため、どの技術が最も研究に適しているかを判断する際には、それらを十分に理解することが必要です。
 

一番重要な点は、超解像画像の取得速度が、一般的には従来の観察方法よりも遅いことです。N-STORMでのイメージングは取得速度が比較的遅いため、1枚あたり1秒以上かかることが多く、生細胞イメージングには不向きです。また、STORMなどのSMLM技術は、解像度を最大限に向上させることはできますが、使用できる蛍光色素が限られるため、使用する蛍光色素から選択することが必要です。

共焦点顕微鏡AX/AX Rに装着可能なNSPARCは、高解像度と高速取得を両立できます。また、使用できる蛍光色素や蛍光プローブの選択肢は広く、ライブセルイメージングにも適しています。
 

他のイメージング技術と同様に超解像イメージングにおいても、光学分解能を最大にするためには、対物レンズの選択が最も重要となります

高い開口数を有する、さまざまな液浸に対応した対物レンズを用意しています。ニコンの超解像顕微鏡用対物レンズには、CFI SR HP アポクロマート TIRF 100XC Oil (油浸、NA 1.49)や、 CFI SR HP プランアポクロマート Lambda S 100XC Sil （シリコーン浸、NA 1.35)、CFI SR プランアポクロマート IR 60XC WI (水浸、NA 1.27)などがあります。これらの対物レンズは、それぞれの液浸において最高レベルのNAを実現しています。

超解像顕微鏡用対物レンズの中には、電動補正環が使用でき、球面収差補正の微調整を電動で行えるものがあります。これにより、最高レベルの解像度と三次元イメージングを実現します。

従来の共焦点顕微鏡を用いても、高解像度イメージングを実現することができます。共焦点顕微鏡は、ピンホールによって焦点面以外からの散乱光を除去することで、一般的な広視野顕微鏡より優れた解像度の画像を取得できます。さらに、ピンホールサイズの最適化と複数回の3Dデコンボリューションの実施により、最高140 nm（XY）の高解像度観察が可能となります。

一般的な蛍光色素が使用でき、操作も簡単なため、超解像イメージングほどの分解能を必要としない場合、手軽かつ実用的な選択肢となります。

ポイントスキャン共焦点レーザー顕微鏡システムAX/AX Rは、高解像度の共焦点イメージングが可能です。可視域から近赤外域の蛍光色素を検出できることと、4波長までの同時取得が可能であることが特長です。ピンホールは六角形で、サイズが連続的に可変のため、より精度の高い調整が可能です。AX Rのレゾナントスキャナーを使用すれば、高解像度でありながら、ビデオレート（30 FPS）以上の高速でイメージングすることができます。