Notas de aplicação
Nikon NIS-Elements Denoise.ai Software: utilizing deep learning to denoise confocal data
janeiro 2020
Noise is a fundamental component of confocal images, a result of discreet digital sampling of continuously emitting photons from samples. The contribution of noise to image quality (signal-to-noise ratio) increases as the signal decreases as a square-root function. Using a trained neural network, we use artificial intelligence to remove the shot noise component from confocal image data, allowing an increase in image quality and the ability to acquire dimmer samples at faster rates. NIS-Elements software’s Denoise.ai deploys this trained network for live or post-acquisition processing.
Mapping brain cell types with CARTANA in situ sequencing on the Nikon Ti2-E microscope
janeiro 2020
In situ sequencing (ISS) kits offered by CARTANA allow scientists to detect transcripts from hundreds of genes directly inside tissue sections with unprecedented throughput and single-cell resolution. The Nikon Ti2-E inverted microscope enables this application by combining its Perfect Focus System 4 focus locking technology and an automated stage with large image scan capabilities. This note demonstrates ISS for mapping transcriptional cell types within the spatial context of mouse brain sections.
Ti2: Increasing data collection and fidelity by maximizing field of view
setembro 2019
With the release of the Nikon Ti2 inverted microscope, the world’s first 25mm FOV became available. Now, Nikon has taken advantage of this improvement by building the largest FOV point scanner in the world, the A1 HD25®.
A1R HD25: the latest in resonant scanning technology allows new live-cell imaging approaches
fevereiro 2019
Capturing the dynamics of living systems requires high acquisition rates. Large samples, such as whole model organisms, additionally require a large field of view. The Nikon A1R HD25 confocal system provides both, combining Nikon’s improved HD high speed resonant scanner with an unprecedented 25 mm field of view. The performance of this system is evaluated in zebrafish embryos.
Increasing Data Collection and Fidelity by Maximizing Confocal Field of View
novembro 2018
For years, the field of view (FOV) of confocal systems has been limited by the FOV of the microscope they are attached to. With the release of the Nikon Ti2 inverted microscope, the world’s first 25-mm FOV became available. Now, Nikon has taken advantage of this improvement by building the largest FOV point scanner in the world, the A1 HD25. This Application Note focuses on the impact of this technology on simple, everyday experiments.
Structured Illumination Microscopy (SIM) Imaging Comparison with Confocal
setembro 2018
The super-resolution microscopy technique structured illumination microscopy (SIM) imaging of dendritic spines along the dendrite has not been previously performed in fixed tissues, mainly due to deterioration of the stripe pattern of the excitation laser induced by light scattering and optical aberrations.
Reflectance imaging for visualization of unlabeled structures using Nikon A1 and N-SIM
janeiro 2018
Reflectance imaging allows the user to form an intensity image from light backscattered by the sample. Highly reflective markers, including a variety of nanoparticles, allows for imaging with very high signal-to-noise and virtually free of photobleaching, ideal for both confocal and structured illumination microscopies.
Hardware Triggering: Maximizing Speed and Efficiency for Live Cell Imaging
dezembro 2017
Live cell imaging experiments now require higher speeds and more data throughput than ever before. Nikon Instruments has robust tools that enable hardware triggering of imaging devices in microscopy via direct signaling between hardware. This minimizes delays, synchronizes devices, and reduces the exposure of specimens to light. This Application Note explains how Nikon’s NIS-Elements hardwaretriggering workflow operates, and details its benefits for common time-lapse acquisition routines.
Application of Patterned Illumination Using a DMD for Optogenetic Control of Signaling
novembro 2017
Digital micromirror devices (DMDs) are powerful tools for photostimulation applications, including photoconversion and optogenetic manipulation, owing to their robust ability to produce novel illumination patterns with high spatiotemporal resolution. In this Application Note we showcase recent work describing how DMD technology integrated into a Nikon system can be applied toward light-gated optogenetic control of intracellular signaling.
Robotic Microscopy with the Nikon Ti2 for High-Content Analysis Applications
dezembro 2016
Robotic Microscopy—a combination of high-content screening methods—enables multivariate experimental approaches with large cell populations and member-level sensitivity. Here we explore how the new Nikon Ti2 line of inverted research microscopes is uniquely suited to Robotic Microscopy applications, focusing on work utilizing induced pluripotent stem cells (iPSCs) as disease models in drug screening.
N-STORM with DNA-PAINT for Reliable Multicolor & 3D Single Molecule Localization Imaging
novembro 2016
N-SIM for Quantitative Ultra-Structural Analyses of the Nuclear Lamina
outubro 2016
Super-resolution Structured Illumination Microscopy (SIM), available from Nikon via the N-SIM and N-SIM E systems, allows for the observation of details inaccessible to traditional microscopes, such as confocal and widefield. In this application note we see how the N-SIM system enables quantitative multi-color evaluation of the distribution of different nuclear lamin proteins and the structures they form.
Quantitative Cluster Analysis Applications for N-STORM
outubro 2016
Nikon’s N-STORM super-resolution microscope is applied to mapping the distribution of nucleosomes on chromatin fibers, shining a light on the mechanisms of chromatin folding, gene expression, and pluripotency. Multicolor STORM is used to explore how nucleosome distribution differs between differentiated and pluripotent stem cells and correlates with the distribution of other important factors in replication, such as RNA Polymerase II.
Nikon’s Large-Format Multiphoton System for Intravital Imaging
dezembro 2015
Nikon’s A1R MP multiphoton confocal microscope system provides a choice platform for deep tissue imaging. Researchers at the Allen Institute for Brain Science have applied the A1R MP towards fast dual-color intravital imaging of the mouse brain. The open architecture instrument design allows for the addition of custom stages for large samples, external photostimulation devices, and more – perfect for constantly evolving needs.
Quantitative Analysis Tools and Correlative Imaging Applications for N-STORM
novembro 2015
Stochastic Optical Reconstruction Microscopy (STORM) has had a significant impact on our understanding of nano-scale biological processes. In this application note, we see how Nikon’s N-STORM system, combined with quantitative analysis tools, enables single molecule level studies of cannabinoid signaling in the brain. Correlative 3D-STORM, confocal microscopy, and patch-clamp electrophysiology is also explored.
Pesquisa com células-tronco na Nikon
maio 2014
This flyer provides a quick visual orientation of example Nikon products and how they support various research aspects of stem cell biology and regenerative medicine. This includes detection of differentiation markers, routine cell culture checking, time lapse imaging, and more.
Desenvolvimento de um Bioprocesso Integrado para Produção de Células NK-92 para Imunoterapia
janeiro 2014
Os linfócitos anticancerosos NK-92 são promissores para aplicação em imunoterapias. Esta nota de aplicação explora um fluxo de trabalho abrangente para a produção de células NK-92 de grau clínico, usando o BioStation CT da Nikon para monitorar o fenótipo e a potência do NK-92.
Ensaio de Citotoxicidade Cinética Linfocitária Antitumoral (Colaboração com CCRM)
janeiro 2013
Nesta nota de aplicação, exploramos o uso da plataforma de escaneamento de alta demanda totalmente robótica do BioStation CT da Nikon para quantificar a taxa de mortalidade de uma linhagem celular modelo de leucemia humana após co-incubação com linfócitos NK-92 anti câncer. Este ensaio integra imagens automatizadas de fluorescência Calcein-AM para realizar análise de células vivas / mortas.
Um método não invasivo para contagem de células-tronco humanas pluripotentes por imagens de células vivas
janeiro 2012
É apresentado aqui um método para contagem de células-tronco pluripotentes vivas usando a coloração nuclear fluorescente SYTO24 e imagens de contraste de fase no microscópio de alta capacidade BioStation CT da Nikon. Os resultados mostram que a área de cobertura de colônias deduzida a partir de imagens de contraste de fase pode ser usada como um estimador preciso da contagem de células-tronco, correlacionando-se bem com medidas baseadas em hemocitômetros.
Esboço de aplicações de células-tronco
janeiro 2011
The Nikon BioStation CT cell culture observation system and CL-Quant software provide a powerful platform for stem cell research applications, including automated induced pluripotent stem (iPS) cell colony identification, proliferation analysis, and neural differentiation analysis. Real experimental data is provided for each of these use cases.
Ensaio de Triagem para Respostas do PSC a Substratos
janeiro 2011
An automated imaging-based screening assay for assessing stem cell pluripotency is described. Researchers from Nikon and the Centre for Commercialization of Regenerative Medicine use a Nikon BioStation CT with CL-Quant software to perform stem cell pluripotency maintenance assays in experiments testing feeder cell-free culture vessel substrates. Such commercially available substrates provide a number of process standardization benefits.
Ensaio automatizado de células formadoras de colônias hematopoiéticas (CFC)
janeiro 2011
O sistema de triagem de células vivas de alto capacidade BioStation CT da Nikon é aplicado em um ensaio para enumeração automática e identificação de células formadoras de colônias hematopoiéticas. Este ensaio permite a identificação de vários tipos de colônias, ajudando a distinguir entre linhagens.
Geração de Curva de Crescimento para Células iPS em Cultura Livre de Alimentador por Análise de Imagem Não Invasiva
janeiro 2011
A observação de time lapse a longo prazo de culturas de células estaminais isentas de camada de alimentação, juntamente com a detecção automatizada de colônias de células estaminais, é aqui demonstrada utilizando um sistema BioStation CT da Nikon. Curvas de crescimento para ambas as células diferenciadas e não diferenciadas foram geradas por um período de tempo de cerca de 1 semana.
Estabelecimento de um algoritmo para detecção automatizada de células iPS / não iPS sob uma condição de cultura por análise de imagem não invasiva
janeiro 2011
Nesta nota de aplicação, detalhamos um método automatizado de alto rendimento para observar e classificar as colônias de células-tronco com um algoritmo padronizado utilizando o BioStation CT da Nikon. A análise automatizada de imagens, discrimina colônias de células-tronco de colônias de células não-tronco, usando imagens de contraste de fase e subsequente análise de características morfológicas distintas.
Sistema de avaliação e cultura automatizada e não invasiva para células iPS em processo de diferenciação neural
janeiro 2011
Esta nota de aplicação detalha um fluxo de trabalho integrado para cultura, observação, avaliação e diferenciação de células estaminais pluripotentes induzidas (iPS) em neurônios, introduzindo métodos de processamento de imagens para detectar rosetas neurais e crescimento de prolongamentos neuronais (axônios/dendritos) - dois importantes pontos de controle morfológicos na diferenciação neural. A imagem automatizada para este ensaio é realizada usando um BioStation CT da Nikon.
Respostas de Células-Tronco Embrionárias a Substratos Comercialmente Disponíveis para Manutenção de Células-Tronco
janeiro 2011
Em colaboração com o Centro de Comercialização de Medicina Regenerativa (CCRM), comparamos o desempenho de 8 substratos comuns para crescimento e manutenção de células-tronco, desenvolvendo um ensaio utilizando escaneamento de alta demanda do microscópio BioStation CT da Nikon e seu sistema de incubação . A imagem de fluorescência de Oct4 é usada como marcador de pluripotência.
Análise de Sobrevivência de Neurônios Derivados In Vitro Humanos Utilizando a Nova Tecnologia de obtenção de imagens de time lapse de células vivas com tempo estendido
janeiro 2011
Nesta nota de aplicação, demonstramos o BioStation CT da Nikon para obtenção de imagens de longo prazo de células vivas de neurônios motores derivados de células-tronco - rastreando atributos-chave como o tamanho do corpo celular e o comprimento dos prolongamentos neuronais (dendritos/axônios) antes, durante e após o tratamento com diferentes agentes causadores de stress. Esta abordagem fornece um método padronizado para estudos de descoberta de drogas em modelos de doenças neurodegenerativas.
